Vor dem Krieg gehörten 17.000 Menschen zur Gemeinde, 1945 waren es noch 4000. Vorübergehend stellten für erste Gottesdienste die Geschwister Fuhrmann Räumlichkeiten in der Berliner Str. 109 zur Verfügung. Dort fand auch Pfr. Sparre Unterkunft, und das Presbyterium trat hier zur ersten Sitzung zusammen. Der anfängliche Plan, das „Otto-Stift“, (heute Bodelschwingh-Haus, Mündelstr.) für Gottesdienst, Unterricht, Kindergarten und Wohnungen wiederherzustellen, wurde bald wegen fehlendem Baumaterial verworfen. Dankbar ging das Presbyterium deshalb auf das Angebot der Geschwister Leverkus ein, das Haus in der Düsseldorferstr. 27 gegen Miete zur Verfügung zu stellen. Ein Kirchraum mit 150 Plätzen wurde eingerichtet, außerdem war Platz für den Kindergottesdienst, den Konfirmandenunterricht, die Wohnungen für Pfr. Heynen und die Küster Carle und Fidora mit ihren Familien sowie für die Gemeindeverwaltung. In das Ernst-Moritz-Arndt-Haus, Düsseldorferstr. wurden von der Stadtverwaltung Menschen ohne Wohnung eingewiesen. Das Presbyterium wollte das Haus jedoch umgehend wieder als Kinderheim nutzen. Im Kellergeschoss des zerstörten Gemeindehaus Graf-Adolf-Str. wurde Ende 1945 einer der drei Kindergärten wieder eröffnet. Der „innere und äußere Wiederaufbau der Gemeinde“ wurden unerwartet erschwert durch die vom Konsistorium in Düsseldorf verfügte „Zur-Ruhesetzung“ der beiden ältesten Pfarrer Mühlberg und Sparre. Beide waren über 30 Jahre im Dienst der Gemeinde. Dem Presbyterium gelang es – gegen den Widerstand der Kirchenleitung – beide Pfarrer für eine Verlängerung ihres Dienstes zu gewinnen. Die Gemeindebezirke wurden von drei auf zwei reduziert. Der Nord-Bezirk umfasste Flittard und Stammheim, der südliche neben Mülheim auch Höhenberg, das vorher den 3. Bezirk bildete. Wesentliche Aufbauarbeit leisteten auch die Gemeindeschwestern in der Versorgung von kranken und gebrechlichen Gemeindegliedern. Als Flüchtlinge aus den östlichen Gebieten kamen die Diakonissen Hulda Moskopf und Emilie Leder nach Köln. Sie unterstützten die langjährige Schwester Marie Hampel. Am 28.10.1945 wurde in einer Jahres-Gedenkfeier der Zerstörung Mülheims und „aller Opfer, die der Krieg von uns forderte“ (Pfarrer Heynen im Weihnachtsbrief 1945) gedacht. Ende 1946 wird der Beschluss gefasst, in der bis auf den Turm zerstörten Lutherkirche eine Baracke zu errichten. Die ebenfalls zerstörte Friedenskirche sollte „nach Möglichkeit wiederaufgebaut werden“.